黑河口岸的检查、检疫、检验、监督、代理、代办、运输、仓储、金融、保险、通讯、旅游和服务等机构健全，基础设施不断完善，形成了完整的对外运输体系。通过黑河口岸，南下内地可利用北黑铁路、黑大公路和黑哈航线直达国内各地、东南沿海及港澳地区。对外运输可利用俄罗斯阿穆尔州布拉戈维申斯克口岸通过109公里的支线铁路与独联体欧亚大陆桥--西伯利亚大铁路和贝阿铁路相接。通过西伯利亚大铁路和贝阿铁路可进入俄罗斯腹地，到达独联体和东欧各国。布拉戈维申斯克航空港有50多条航线与全国各地相通。特别是中俄双方实行江海联运后，从黑河口岸通过黑龙江和俄罗斯的阿穆尔河通过鞑靼海峡进入日本海、到达日本、韩国、东南亚及太平洋诸国。

  黑河水运口岸黑龙江明水期（5月至10月）为水上客货船舶和轮渡汽车运输，有效时间约175天左右，实际运输为155天左右。冬季流冰期（11月至12下旬）开通气垫船，有效时间约50天左右，实际运输为40天左右。封冻期（次年1月至3月）为浮箱固冰通道客货汽车运输，有效时间为95天左右。实际运输为70天左右。春季流冰期（3月下旬至5月初）继续开通气垫船，有效时间约40天左右，实际运输30天左右，全年累计有效时间360天左右， 实际运输295天左右。